ЈЗУ Специјална болница за ортопедија и трауматологија „Св.Еразмо“ – Охрид е организирана во медицински отсеци и одделенија како што следи:
- Ортопедско – трауматолошки женски медицински отсек (2 апартмани),
- Ортопедско – трауматолошки машки медицински отсек (2 апартмани),
- Ортопедско – трауматолошки детски медицински отсек,
- Женски медицински отсек за рехабилитација (параплгија),
- Машки медицински отсек за рехабилитација (параплегија),
- Медицински отсек за церебрална парализа (5 апартмани),
- Нов објект со посебен стандард (11 апартмани),
- Медицински отсек – оперативен блок со 2 операциони асептични сали со комплетна инфраструктура и инструментариум и 1 нова операциона сала со намена за септична ургентна трауматолошко – ортопедска медицина со пропратна инфраструктура (за реанимација и интензивна нега со опрема и инструментариум),
- Медицински отсек – сала за интензивна нега и реанимација (18 + 6 кревети за интензивна нега и реанимација со потребна инфраструктура),
- Медицински отсек за физикална терапија, - блок со 4 одделенија за физикална терапија со потребна опрема (1 базен и 1 мал детски базен со комплет апарати за физикална терапија),
- Медицински отсек – амбуланти со превијалиште и гипс сала (5 амбуланти за надворешни прегледи со приемно одделение),
- Медицински отсек РТГ, КТ, ЕХО, ЕЕГ и ЕМГ,
- Медицински отсек биолабораторија
(Во рамките на секој медицински отсек егзистира одделение за физикална терапија)
- Одделение за припрема на храна,
- Одделение за припрема на веш,
- Одделение за техничко одржување,
- Административно одделение за економско – финансиски работи (финансиско книговодство, материјално книговодство, ликвидатура со фактурно, благајна, приемно, болничка аптека),
- Административно одделение за општи и правни работи (општи и правни работи, архива, противпожарна заштита и осигурување, кадрово, обезбедување)